Institut für Theoretische Chemie

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• 1473 Artikel
• 93 Beitrag in Konferenzband
• 66 Beitrag in Buch/Sammelband
• 39 Review
• 101 Mehr
  • 25 Meeting Abstract/Conference Paper
  • 19 Editorial
  • 16 Paper
  • 15 Short Communication
  • 5 Buch
  • 5 Sonstiges
  • 4 Correction
  • 3 Sammelband
  • 1 Eintrag in Nachschlagewerk
  • 1 Sonstiger Beitrag zu Buch
  • 1 Sonstiger Konferenzbeitrag
  • 1 Zeitungs-/Magazinartikel
  • 1 Multimediale Veröffentlichung
  • 1 Film
  • 1 Webpublikation
  • 1 Preprint
  • 1 Working Paper

Publikationen pro Jahr

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Suchergebnisse

• 2023

  Epilogue: CTMI. 13.3.22

  Domingo, E., Schuster, P., Elena, S. F. & Perales, C., 2023, Viral Fitness and Evolution. Domingo, E., Schuster, P., Elena, SF. & Perales, C. (Hrsg.). Springer International Publishing AG , Band 439. S. 341-344 (Current Topics in Microbiology and Immunology).

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• Virus Evolution on Fitness Landscapes

  Schuster, P. & Stadler, P., 2023, Viral Fitness and Evolution. Domingo, E., Schuster, P., Elena, SF. & Perales, C. (Hrsg.). Springer International Publishing AG , Band 439. S. 1-94 (Current Topics in Microbiology and Immunology).

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• 2021

  Advanced Design of Structural RNAs Using RNARedPrint

  Ponty, Y., Hammer, S., Yao, H. T. & Will, S., 2021, Methods in Molecular Biology. Springer Nature, Band 2284. S. 1-15 15 S. (Methods in Molecular Biology, Band 2284).

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  • RNA 100%
  • RNA Sequence 25%
  • GC-content 25%
  • Protein Secondary Structure 25%

• Functional RNA Structures in the 3′ UTR of Mosquito-Borne Flaviviruses

  Wolfinger, M. T., Ochsenreiter, R. W. & Hofacker, I., 2021, Virus Bioinformatics . Frishman, D. & Marz, M. (Hrsg.). Chapman and Hall/CRC, 36 S.

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  • Untranslated Region 100%
  • Flavivirus 100%
  • RNA Structure 100%
  • Viral Tropism 33%
• 2020

  Machine Learning for Nonadiabatic Molecular Dynamics

  Westermayr, J. & Marquetand, P., 21 Juli 2020, Machine Learning in Chemistry: The Impact of Artificial Intelligence . Cartwright, H. M. . (Hrsg.). Royal Society of Chemistry, S. 76-108 (Lecture Notes in Physics).

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  • Quantum Chemistry 100%
  • Excited State 100%
  • Ab Initio Method 100%
  • Molecular Structure 100%
  • Electronic State 50%

• Molecular Dynamics with Neural Network Potentials

  Gastegger, M. & Marquetand, P., 4 Juni 2020, Machine Learning Meets Quantum Physics. Schütt, K. T., Chmiela, S., von Lilienfeld, O. A., Tkatchenko, A., Tsuda, K. & Müller, K-R. (Hrsg.). Springer, Band 968. S. 233-252 (Lecture Notes in Physics).

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  • Neural Network 100%
  • Learning System 100%
  • Energy Level 100%

• Motivation and Basic Concepts

  Gomez Rodriguez, S., Galvan, I. F., Lindh, R. & Gonzalez, L., 23 Nov. 2020, Quantum Chemistry and Dynamics of Excited States: Methods and Applications. González, L. & Lindh, R. (Hrsg.). 1 Aufl. Hoboken, NJ: Wiley Online Library, S. 1-12 12 S.

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• Multi-Reference Configuration Interaction

  Plasser, F. & Lischka, H., 23 Nov. 2020, Quantum Chemistry and Dynamics of Excited States: Methods and Applications. González, L. (Hrsg.). Wiley Online Library, S. 277-297 21 S.

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  • Multireference Configuration Interaction 100%
  • State Function 50%
  • Wave Function 20%
  • Configuration Interaction Methods 20%
  • Linear Expansion 20%

• Surface Hopping Molecular Dynamics

  Mai, S., Marquetand, P. & Gonzalez, L., 23 Nov. 2020, Quantum Chemistry and Dynamics of Excited States: Methods and Applications. González, L. (Hrsg.). Wiley Online Library, S. 499-530 32 S.

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  • Electronic State 100%
  • Wave Function 100%
  • Statistical Ensemble 100%
  • Energy Level 100%

• The Density Matrix Renormalization Group for Strong Correlation in Ground and Excited States

  Freitag, L. & Reiher, M., 23 Nov. 2020, Quantum Chemistry and Dynamics of Excited States: Methods and Applications. González, L. (Hrsg.). Wiley Online Library, S. 205-245 41 S.

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  • Wave Function 100%
  • Ground State 100%
  • Excitation 100%
  • Quantum Chemistry 100%
  • Density Matrix 100%
• 2019

  Information Processing in Chemical Systems

  Andersen, J. L., Flamm, C., Merkle, D. & Stadler, P., 9 Juni 2019, The Energetics of Computing in Life and Machines. Kempes, C., Stadler, P. F., Grochow, J. A. & Wolpert, D. H. (Hrsg.). SFI Press

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• 2018

  CHAPTER 10: General Trajectory Surface Hopping Method for Ultrafast Nonadiabatic Dynamics

  Mai, S., Plasser, F., Marquetand, P. & González, L., 31 Aug. 2018, Attosecond Molecular Dynamics . Lepine, F. & Vrakking, M. J. J. (Hrsg.). 13 Aufl. Royal Society of Chemistry, S. 348-385 38 S. (RSC Theoretical and Computational Chemistry Series; Nr. 13, Band 2018-January).

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  • Energy Level 100%
  • Physical Process 100%
  • Electronic State 100%

• Comparative RNA genomics

  Backofen, R., Gorodkin, J., Hofacker, I. L. & Stadler, P. F., 1 Jan. 2018, Methods in Molecular Biology. Humana Press, Inc., S. 363-400 38 S. (Methods in Molecular Biology, Band 1704).

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  • RNA 100%
  • Non-Coding RNA 50%
  • Small RNAs 25%
  • Protein Secondary Structure 25%
  • Metabolic Pathway 25%

• Darwin gestern und heute

  Schuster, P., 2018, Darwin in Zentraleuropa: Die wissenschaftliche, weltanschauliche und populäre Rezeption im 19. und frühen 20. Jahrhundert. Matis, H. & Reiter, W. L. (Hrsg.). LIT Verlag, Band 2. S. 449–471 (Studien zu Wissenschaftsgeschichte / Ignaz-Lieben-Gesellschaft).

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• 2016

  Applications in Biology

  Schuster, P., 2016, Stochasticity in Processes: Fundamentals and Applications to Chemistry and Biology. Schuster, P. (Hrsg.). SPRINGER INT PUBLISHING AG, S. 569-677 (Springer Series in Synergetics).

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  • Neutral Gene Theory 100%

• Applications in Chemistry

  Schuster, P., 2016, Stochasticity in Processes: Fundamentals and Applications to Chemistry and Biology. Schuster, P. (Hrsg.). SPRINGER INT PUBLISHING AG, S. 347-568 (Springer Series in Synergetics).

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  • Master Equation 100%
  • Stochastic Modeling 100%
  • Reaction Step 40%
  • Langevin Equation 20%
  • Spectroscopy 20%

• Chapter 5: Challenges integrating complexity and evolution into economics

  Axtell, R., Kirman, A., Couzin, I. D., Fricke, D., Hens, T., Hochberg, M. E., Mayfield, J. E., Schuster, P. & Sethi, R., 2016, Complexity and Evolution: Toward a New Synthesis for Economics. Wilson, D. S. & Kirman, A. (Hrsg.). MIT Press, S. 65–81

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• Distributions, Moments, and Statistics

  Schuster, P., 2016, Stochasticity in Processes: Fundamentals and Applications to Chemistry and Biology. Schuster, P. (Hrsg.). SPRINGER INT PUBLISHING AG, S. 83-197 (Springer Series in Synergetics).

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  • Probability Distribution 100%
  • Sample Space 100%
  • Moment Distribution 100%
  • Mathematical Statistic 100%
  • Central Limit Theorem 50%

• Probability

  Schuster, P., 2016, Stochasticity in Processes: Fundamentals and Applications to Chemistry and Biology. Schuster, P. (Hrsg.). SPRINGER INT PUBLISHING AG, S. 1-81 (Springer Series in Synergetics).

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  • Uncountable Set 100%
  • Random Variable 60%
  • 20th Century 40%
  • Sample Space 40%
  • Continuous Variable 40%

• Quasispecies on Fitness Landscapes

  Schuster, P., 2016, QUASISPECIES: FROM THEORY TO EXPERIMENTAL SYSTEMS. Domingo, E. & Schuster, P. (Hrsg.). SPRINGER INT PUBLISHING AG, Band 392. S. 61-120 60 S. (Current Topics in Microbiology and Immunology, Band 392).

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  • Quasispecies 100%
  • Numerical Computation 100%
  • Mutation Rate 20%
  • Dynamics 20%

• Singlet and Triplet Bound State Spectra in the Four-Electron Be-Like Atomic Systems

  Ruiz, M. B., Latorre, F., Frolov, A. M., Hoggan, PE. & Ozdogan, T., 2016, Electron Correlation in Molecules ? ab initio Beyond Gaussian Quantum Chemistry, 2016. Hoggan, P. E. & Ozdogan, T. (Hrsg.). Elsevier Academic Press, S. 119-138 20 S. (Advances in Quantum Chemistry, Band 73).

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  • Bound State 100%
  • Triplet State 50%
  • Boron Ion 50%
  • Singlet State 25%

• Stochastic Processes

  Schuster, P., 2016, Stochasticity in Processes: Fundamentals and Applications to Chemistry and Biology. Schuster, P. (Hrsg.). SPRINGER INT PUBLISHING AG, S. 199-346 (Springer Series in Synergetics).

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  • Stochastic Differential 100%
  • Random Variable ξ 49%
  • Anomalous Diffusion 49%
  • Discrete Variable 49%

• What Is a Quasispecies? Historical Origins and Current Scope

  Domingo, E. & Schuster, P., 2016, QUASISPECIES: FROM THEORY TO EXPERIMENTAL SYSTEMS. Domingo, E. & Schuster, P. (Hrsg.). SPRINGER INT PUBLISHING AG, Band 392. S. 1-22 22 S. (Current Topics in Microbiology and Immunology, Band 392).

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  • Spirit 100%
  • Experimental 100%
  • Irregular 100%
  • Experimental Data 100%
• 2015

  A review on large k minimal k-partitions and Pleijel's Theorem

  Helffer, B. & Hoffmann-Ostenhof, T., 2015, Spectral Theory and Partial Differential Equations. Eskin, G., Friedlander, L. & Garnett, J. (Hrsg.). American Mathematical Society, Band 640. (Contemporary Mathematics (CONM), Band 640).

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• Electronic Excitation Processes in Single-Strand and Double-Strand DNA: A Computational Approach

  Plasser, F., Aquino, A. J. A., Lischka, H. & Nachtigallova, D., 2015, PHOTOINDUCED PHENOMENA IN NUCLEIC ACIDS II: DNA FRAGMENTS AND PHENOMENOLOGICAL ASPECTS. Barbatti, M., Borin, AC. & Ullrich, S. (Hrsg.). BERLIN: Springer-Verlag Berlin, S. 1-37 37 S. (Topics in Current Chemistry, Band 356).

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  • DNA 100%
  • Electronic Excitation 100%
  • Dimer 100%
  • Chromophore 100%
  • Nucleic Acid 100%

• Excitation of Nucleobases from a Computational Perspective II: Dynamics

  Mai, S., Richter, M., Marquetand, P. & Gonzalez, L., 2015, PHOTOINDUCED PHENOMENA IN NUCLEIC ACIDS I: NUCLEOBASES IN THE GAS PHASE AND IN SOLVENTS. Barbatti, M., Borin, AC. & Ullrich, S. (Hrsg.). BERLIN: Springer-Verlag Berlin, Band 355. S. 99-153 55 S. (Topics in Current Chemistry, Band 355).

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  • Nucleobase 100%
  • Dynamics 100%
  • Electronic State 33%
  • Relaxation 33%
  • Guanine 16%

• Generalized topologies: Hypergraphs, chemical reactions and biological evolution

  Flamm, C., Stadler, B. M. R. & Stadler, P., 2015, Advances in Mathematical Chemistry and Applications. Basak, S. C., Restrepo, G. & Villaveces, J. L. (Hrsg.). Bentham Science Publishers, Band 2. S. 300-328

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  • Generalized Topology 100%
  • Set Point 100%
  • Hypergraphs 100%
  • Mathematical Theory 100%
  • Biological Evolution 100%

• The viennaRNA web services

  Gruber, A. R., Bernhart, S. H. & Lorenz, R., 2015, RNA bioinformatics. Picardi, E. (Hrsg.). New York, NY: Humana Press, S. 307-326 20 S. (Methods in Molecular Biology, Band 1269).

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  • RNA RNA Hybridization 100%
  • Secondary Structure 100%
• 2014

  Chapter 1: Vibrational and Electronic Wavepackets Driven by Strong Field Multiphoton Ionization

  Marquetand, P., Weinacht, T. C., Rozgonyi, T., Gonzalez-Vazquez, J., Geißler, D. & Gonzalez Herrero, L., 2014, Advances in Multi-Photon Processes and Spectroscopy: Advances in Multi-Photon Processes and Spectroscopy . Lin, S. H., Villaeys, A. A. & Fujimura, Y. (Hrsg.). WORLD SCIENTIFIC PUBL CO PTE LTD, Band 21. S. 1-54

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  • Multiphoton Ionization (MPI) 100%
  • electronics 100%
  • Energy Level 100%
  • Electronic State 50%
  • Molecular Electronics 50%

• Evolution der Molekule: Von der Evolution im Reagenzglas zur Erzeugung maßgeschneiderter Molekule

  Schuster, P., 12 Nov. 2014, Darwin heute: Evolution als Leitbild in den modernen Wissenschaften . Neukamm, M. (Hrsg.). Darmstadt: Wissenschaftliche Buchgesellschaft, S. 133-170

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• Geometry and Coarse-Grained Representations of Landscapes

  Klemm, K., Qin, J. & Stadler, P., 2014, Recent Advances in the Theory and Application of Fitness Landscapes. Richter, H. & Engelbrecht, A. (Hrsg.). Springer-Verlag Berlin-Heidelberg, S. 153-176 (Emergence, Complexity and Computation (ECC), Band 6).

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  • Vector Field 100%
  • Configuration Space 100%
  • Local Search 50%
  • Adaptive Walk 50%
  • Lyapunov Function 50%

• Predicting RNA Structure: Advances and Limitations

  Hofacker, I. & Lorenz, R., 2014, RNA Folding: Methods and Protocols. Waldsich, C. (Hrsg.). Humana Press, Inc., S. 1-19 (Methods in Molecular Biology, Band 1086).

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  • RNA 100%
  • RNA Structure 100%
  • Protein Secondary Structure 100%
  • RNA Folding 50%
  • Folding Kinetics 50%

• Rugged and Elementary Landscapes

  Klemm, K. & Stadler, P., 2014, Theory and Principled Methods for the Design of Metaheuristics. Borenstein, Y. & Moraglio, A. (Hrsg.). Springer-Verlag Berlin, S. 41-61 (Natural Computing Series).

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  • Evolutionary Algorithm 100%
  • Laplace Operator 66%
  • Eigenvector 66%
  • Spectral Decomposition 66%
  • Correlation Length 33%

• Ultrafast Laser-Induced Processes Described by Ab Initio Molecular Dynamics

  Gonzalez Herrero, L., Marquetand, P., Richter, M. & Gonzalez-Vazquez, J., 2014, Ultrafast Phenomena in Molecular Sciences: Femtosecond Physics and Chemistry. de Nalda, R. & Bañares, L. (Hrsg.). Springer International Publishing AG , S. 145-170 26 S.

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  • Electronic State 100%
  • electronics 100%
  • Ultrafast Lasers 100%
  • Laser 100%
  • Adiabaticity 100%
• 2013

  Atom mapping with constraint programming

  Mann, M., Nahar, F., Ekker, H., Backofen, R., Stadler, P. F. & Flamm, C., 1 Jan. 2013, Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics). Band 8124 LNCS. S. 805-822 18 S.

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  • Transition State 100%

• Mitochondrial Genome Evolution

  Bernt, M., Machne, R., Sahyoun, A. H., Middendorf, M. & Stadler, P., 20 Sept. 2013, eLS. John Wiley & Sons, Ltd.

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  • Mitochondrial Genome 100%
  • Circular DNA 33%
  • Hydrogenosome 33%
  • Mitosome 33%
  • Alveolata 33%

• Present Day Biology seen in the Looking Glass of Physics of Complexity

  Schuster, P., 2013, Without Bounds: A Scientific Canvas of Nonlinearity and Complex Dynamics. Rubio, R. G., Ryazantsev, Y. S., Starov, V. M., Huang, G-X., Chetverikov, A. P., Arena, P., Nepomnyashchy, A. A., Ferrus, A. & Morozov, E. G. (Hrsg.). Springer-Verlag Berlin-Heidelberg, S. 589-622

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  • RNA 100%
  • Ribonucleic Acid 100%
  • Dynamics 50%
  • RNA Sequence 50%
  • Mutation Rate 50%

• The dynamics of cellular energetics during continuous yeast culture

  Amariei, C., Machne, R., Sasidharan, K., Gottstein, W., Tomita, M., Soga, T., Lloyd, D. & Murray, D. B., 1 Jan. 2013, Proceedings of the Annual International Conference of the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society, EMBS. S. 2708-2711 4 S.

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  • Dynamics 100%
  • Cell Energy 100%
  • Fungal Cell Culture 100%
  • Anabolism 50%
  • Nucleic Acid 50%

• The Graph Grammar Library - A Generic Framework for Chemical Graph Rewrite Systems

  Mann, M., Ekker, H. & Flamm, C., 1 Jan. 2013, Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics). Band 7909 LNCS. S. 52-53 2 S.

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  • Molecular Level 100%
  • End-Users 100%
  • Simple System 100%
  • Powerful Tool 100%
  • Data Structure 100%
• 2012

  Exploring chemistry using SMT

  Fagerberg, R., Flamm, C., Merkle, D. & Peters, P., 1 Jan. 2012, Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics). Band 7514 LNCS. S. 900-915 16 S.

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  • Pentose Phosphate 100%

• Ursprung des Lebens und Prinzipien der Evolution.

  Schuster, P., 2012, Charles Darwin. Die Entstehung der Arten. Wrede, P. & Wrede, S. (Hrsg.). Wiley - V C H, S. 428-443

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• 2011

  Insight into the Key Structural Features of Potent Enoyl Acyl Carrier Protein Reductase Inhibitors Based on Computer Aided Molecular Design

  Punkvang, A., Kamsri, P., Kun-asa, K., Saparpakorn, P., Hannongbua, S., Wolschann, K. P. & Pungpo, P., 2011, Drug Development - A Case Study Based Insight into Modern Strategies. Unknown publisher, S. 243-262 20 S.

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• RNA INTERACTIONS

  Marz, M. & Stadler, P., 2011, RNA INFRASTRUCTURE AND NETWORKS. Unknown publisher, S. 20-38 19 S.

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  • RNA 100%
  • Nucleic Acid 50%
  • RNA Structure 50%
  • Protein Secondary Structure 50%
  • Non-Coding RNA 50%

• The Mathematics of Darwin's Theory of Evolution: 1859 and 150 Years Later

  Schuster, P., 2011, The mathematics of Darwin's legacy. Unknown publisher, S. 27-66 40 S.

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  • Mutation Rate 100%
  • Lethal Mutant 50%
  • RNA Sequence 50%

• The structural requirement of direct InhA inhibitors for high potency against M. Tuberculosis based on computer aided molecular design

  Punkvang, A., Kamsri, P., Kumkong, A., Kunasa, K., Saparpakorn, P., Hannongbua, S., Wolschann, K. P. & Pungpo, P., 2011, Science against microbial pathogens: communicating current research and technological advances. Unknown publisher, S. 160-168 9 S.

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• 2010

  Computational studies of non-coding RNAs

  Hofacker, I., Stadler, P. & Backofen, R., 2010, Proceedings of the Pacific Symposion on Biocomputing. Unknown publisher, S. 54-56 3 S.

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• Designing optimal siRNA based on target site accessibility

  Hofacker, I. & Tafer, H., 2010, RNA Interference: From Biology to Clinical Applications. Min, W-P. & Ichim, T. (Hrsg.). Totowa, NJ: Humana Press, S. 137-154 18 S. (Methods in Molecular Biology).

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  • Target Site 100%
  • Feature Sequence 100%
  • Design Tool 100%
  • RNA Interference 100%
  • Tool Design 100%

• Evolutionary genomics of microRNAs and their relatives

  Tanzer, A., Riester, M., Hertel, J., Bermudez-Santana, C., Gorodkin, J., Hofacker, I. & Stadler, P., 2010, Evolutionary Genomics and Systems Biology. Caetano-Anolles, G. (Hrsg.). Hoboken: Wiley-Blackwell, S. 295-327 33 S.

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• Evolution of the Long Non-coding RNAs MALAT1 and MENI2/IƒÊ

  Stadler, P., 2010, Advances in Bioinformatics and Computational Biology. Ferreira, C. E., Miyano, S. & Stadler, P. F. (Hrsg.). Heidelberg: Springer, S. 1-12 12 S.

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• Graph Representations and Algorithms in Computational Biology of RNA Secondary Structure

  Washietl, S. & Gesell, T., 2010, Structural Analysis of Complex Networks. Dehmer, M. (Hrsg.). Springer: Unknown publisher, S. 421-437 17 S.

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