Institut für Theoretische Chemie

2024

Unique Least Common Ancestors and Clusters in Directed Acyclic Graphs

Shanavas, A. V., Changat, M., Hellmuth, M. & Stadler, P. F., 2024, Algorithms and Discrete Applied Mathematics - 10th International Conference, CALDAM 2024, Proceedings. Kalyanasundaram, S. & Maheshwari, A. (Hrsg.). Springer Science and Business Media Deutschland GmbH, S. 148-161 14 S. (Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics), Band 14508 LNCS).

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2023

Annotation-Free Identification of Potential Synteny Anchors

Käther, K., Lemke, S. & Stadler, P. F., 2023, Bioinformatics and Biomedical Engineering - 10th International Work-Conference, IWBBIO 2023, Proceedings. Rojas, I., Valenzuela, O., Rojas Ruiz, F., Herrera, L. J. & Ortuño, F. (Hrsg.). Springer Science and Business Media Deutschland GmbH, S. 217-230 14 S. (Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics), Band 13919 LNBI).

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On the Realisability of Chemical Pathways

Andersen, J. L., Banke, S., Fagerberg, R., Flamm, C., Merkle, D. & Stadler, P., Okt. 2023, Bioinformatics Research and Applications - 19th International Symposium, ISBRA 2023, Proceedings. Guo, X., Mangul, S., Patterson, M. & Zelikovsky, A. (Hrsg.). Springer Singapore, S. 409–419 11 S. (Lecture Notes in Computer Science, Band 14248).

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2022

Accuracy of RNA Structure Prediction Depends on the Pseudoknot Grammar

Eggers, D., Höner zu Siederdissen, C. & Stadler, P. F., 2022, Advances in Bioinformatics and Computational Biology - 15th Brazilian Symposium on Bioinformatics, BSB 2022, Proceedings. Scherer, N. M. & de Melo-Minardi, R. C. (Hrsg.). Springer Science and Business Media Deutschland GmbH, S. 20-31 12 S. (Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics), Band 13523 LNBI).

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2021

Robust Self-Referenced Generator of Programmable Multi-Millijoule THz-Rate Bursts

Stummer, V., Floery, T., Kaksis, E., Pugzlys, A. & Baltuska, A., 2021, 2021 CONFERENCE ON LASERS AND ELECTRO-OPTICS (CLEO). IEEE, 2 S. (Conference on Lasers and Electro-Optics).

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2020

Bi-alignments as models of incongruent evolution of RNA sequence and secondary structure

Waldl, M., Will, S., Wolfinger, M. T., Hofacker, I. L. & Stadler, P. F., 2020, Computational Intelligence Methods for Bioinformatics and Biostatistics: 16th International Meeting, CIBB 2019, Revised Selected Papers. Cazzaniga, P., Besozzi, D., Merelli, I. & Manzoni, L. (Hrsg.). Cham: Springer, Band 12313. S. 159-170 12 S. (Lecture Notes in Computer Science, Band 12313).

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Efficient Computation of Base-pairing Probabilities in Multi-strand RNA Folding

Lorenz, R., Flamm, C., Hofacker, I. L. & Stadler, P. F., 2020, Proceedings of the 13th International Joint Conference on Biomedical Engineering Systems and Technologies: Volume 3: BIOINFORMATICS, 23-31, 2020 , Valletta, Malta. DeMaria, E., Fred, A. & Gamboa, H. (Hrsg.). [Sétubal]: SciTePress, S. 23-31 9 S.

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Open Access

2019

Constraint maximal inter-molecular helix lengths within RNA-RNA interaction prediction improves bacterial sRNA target prediction

Gelhausen, R., Will, S., Hofacker, I. L., Backofen, R. & Raden, M., 1 Jan. 2019, PROCEEDINGS OF THE 12TH INTERNATIONAL JOINT CONFERENCE ON BIOMEDICAL ENGINEERING SYSTEMS AND TECHNOLOGIES, VOL 3 (BIOINFORMATICS): Part of 12th International Joint Conference on Biomedical Engineering Systems and Technologies, BIOSTEC 20192019. De Maria, E., Fred, A. & Gamboa, H. (Hrsg.). SciTePress, S. 131-140 10 S.

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Open Access

Fast and accurate structure probability estimation for simultaneous alignment and folding of RNAs

Miladi, M., Raden, M., Will, S. & Backofen, R., 8 Sept. 2019, LIPIcs – Leibniz International Proceedings in Informatics. Huber, K. T. & Gusfield, D. (Hrsg.). Band 143. S. 14:1--14:13

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Open Access

2018

A Generic Framework for Engineering Graph Canonization Algorithms

Andersen, J. L. & Merkle, D., 7 Jan. 2018, 2018 Proceedings of the 20th Workshop on Algorithm Engineering and Experiments, ALENEX 2018. Venkatasubramanian, S. & Pagh, R. (Hrsg.). SIAM PUBLICATIONS, S. 139-153 15 S.

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Open Access

Evolving Better RNAfold Structure Prediction

Langdon, W. B., Petke, J. & Lorenz, R., 2 März 2018, European Conference on Genetic Programming - EuroGP 2018. Springer, (Lecture Notes in Computer Science, Band 10781).

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Fixed-Parameter Tractable Sampling for RNA Design with Multiple Target Structures

Hammer, S., Ponty, Y., Wang, W. & Will, S., 21 Apr. 2018, Research in Computational Molecular Biology: 22nd Annual International Conference, RECOMB 2018, Paris, France, April 21-24, 2018, Proceedings. Raphael, BJ. (Hrsg.). Springer International Publishing AG , S. 256-258 3 S. (Lecture Notes in Computer Science, Band 10812).

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2017

Absorption Spectrum of [Re(CO)3 (im)(phen)]+: Solvation and Wave Function Analysis

Daniel, C., Fumanal, M., Gattuso, H., Gonzalez, L., Mai, S., Monari, A. & Plasser, F., 22 Juni 2017, Book of Abstracts.

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A theoretical investigation of the trans-[RuC(NO)(Py)4]2+ photochemistry

Talotta, F., Gonzalez, L. & Boggio-Pasqua, M., 17 Juli 2017, Tagungsband.

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Chemical Graph Transformation with Stereo-Information

Andersen, J. L., Flamm, C., Merkle, D. & Stadler, P., 18 Juli 2017, GRAPH TRANSFORMATION, ICGT 2017: Graph Transformation:Conference Proceedings of the 10th International Conference on Graph Transformation. de Lara, J. & Plump, D. (Hrsg.). SPRINGER INT PUBLISHING AG, Band 10373. S. 54-69 16 S.

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Computational Studies of the Photoswitching Mechanisms in Photochromic Ruthenium Complexes

Talotta, F., Alary, F., Dixon, I. M., Heully, J-L., Gonzalez, L. & Boggio-Pasqua, M., 27 Aug. 2017, Book of Abstracts.

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Detailed Quantitative and Visual Analysis Methods for Electronic Excitation Processes

Plasser, F., Mewes, S. A., Mai, S., Nogueira Perez, J. J., Dreuw, A. & Gonzalez, L., 27 Aug. 2017, Book of Abstracts.

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Direct Observation of Laser-Induced O(2)(+)Production from CO2

Larimian, S., Erattupuzha, S., Mai, S., Marquetand, P., Kangaparambil, S., Gonzalez, L., Baltuska, A., Kitzler, M. & Xie, X., 2017, 2017 CONFERENCE ON LASERS AND ELECTRO-OPTICS EUROPE & EUROPEAN QUANTUM ELECTRONICS CONFERENCE (CLEO/EUROPE-EQEC). IEEE, 1 S.

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Enantio- and Regioselectivity of Arylation Reactions with Sulfoxides: Computational Studies Shed the Light on the Mechanism

Maryasin, B., Gonzalez, L. & Maulide, N., 4 Sept. 2017, Book of Abstracts.

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Excited-State Dynamics of a Eumelanin Building Block: Photoprotection or Photodamage?

Nogueira Perez, J. J., Heindl, M. & Gonzalez, L., 27 Aug. 2017, Book of Abstracts.

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Excited State Gradients within an induced dipole formulation of polarizable QM/MM

Menger, M., Caprasecca, S. & Mennucci, B., 27 Aug. 2017, Book of Abstracts.

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How delocalized is photoexcitation in DNA?

Gonzalez, L., Nogueira Perez, J. J. & Plasser, F., 12 Aug. 2017, Book of Abstracts.

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How to describe quantum interferences to separate Nuclear Spin Isomers

Gomez Rodriguez, S., Oppel, M., Symonds, C., Shalashilin, D., Worth, G. & Gonzalez, L., 27 Aug. 2017, Book of Abstracts.

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How to Quantify Charge Transfer Character of Excited States in Transition Metal Complexes

Mai, S., Plasser, F., Gattuso, H., Fumanal, M., Monari, A., Daniel, C. & Gonzalez, L., 27 Aug. 2017, Book of Abstracts.

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Improving SSE parallel code with grow and graft genetic programming

Langdon, W. B. & Lorenz, R., 15 Juli 2017, GECCO 2017 - Proceedings of the Genetic and Evolutionary Computation Conference Companion. S. 1537-1538 2 S.

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It’s Getting Hot: Temperature-Dependent Wigner Sampling and Excited-State Dynamics f 2-Nitronaphthalene

Zobel, J. P., Nogueira Perez, J. J. & Gonzalez, L., 27 Aug. 2017, Book of Abstracts.

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Laser-Induced Oxygen Formation from Carbon Dioxide

Larimian, S., Erattupuzha, S., Schoeffler, M., Mai, S., Marquetand, P., Gonzalez, L., Baltuska, A., Kitzler, M. & Xie, X., 18 Aug. 2017, XXX INTERNATIONAL CONFERENCE ON PHOTONIC, ELECTRONIC, AND ATOMIC COLLISIONS (ICPEAC2017). Bray, A., Hodgman, S., Machacek, J. & Kheifets, A. (Hrsg.). 4 Aufl. [Bristol]: IOP Publishing Ltd, 1 S. (Journal of Physics: Conference Series, Band 875).

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Open Access

Localizing High-Lying Rydberg Wave Packets by Orthogonally-Polarized Two-Color Laser Pulses

Larimian, S., Geng, J-W., Roither, S., Kartashov, D., Zhang, L., Wang, M-X., Gong, Q., Peng, L-Y., Hanus, V., Lemell, C., Yoshida, S., Burgdorfer, J., Baltuska, A., Kitzler, M. & Xie, X., 2017, 2017 CONFERENCE ON LASERS AND ELECTRO-OPTICS EUROPE & EUROPEAN QUANTUM ELECTRONICS CONFERENCE (CLEO/EUROPE-EQEC). IEEE, 1 S.

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Localizing High-Lying Rydberg Wave Packets with Orthogonally-Polarized Two-Color Laser Fields

Larimian, S., Geng, J-W., Roither, S., Kartashov, D., Zhang, L., Wang, M-X., Gong, Q., Peng, L-Y., Lemell, C., Yoshida, S., Burgdoerfer, J., Baltuska, A., Kitzler, M. & Xie, X., 2017, XXX INTERNATIONAL CONFERENCE ON PHOTONIC, ELECTRONIC, AND ATOMIC COLLISIONS (ICPEAC2017). Bray, A., Hodgman, S., Machacek, J. & Kheifets, A. (Hrsg.). IOP Publishing Ltd, Band 875. 1 S. (Journal of Physics: Conference Series, Band 875).

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Open Access

New Tools for the Analysis of Electronic Excitation Processes

Plasser, F., Mewes, S. A., Mai, S., Nogueira Perez, J. J., Dreuw, A. & Gonzalez, L., 16 Juli 2017, Book of Abstracts.

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Non-Adiabatic Dynamics of Nuclear Spin Isomers

Oppel, M., Gomez Rodriguez, S. & Gonzalez, L., 12 Aug. 2017, Book of Abstracts.

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Photosensitizers for photodynamic therapy: from photophysics to assisted delivery

De Vetta, M., Nogueira Perez, J. J., Steen, D., Corral, I., Wiehe, A. & Gonzalez, L., 17 Juli 2017, Tagungsband.

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Sparsification Enables Predicting Kissing Hairpin Pseudoknot Structures of Long RNAs in Practice

Jabbari, H., Wark, I., Montemagno, C. & Will, S., 21 Aug. 2017, Leibniz International Proceedings in Informatics (LIPIcs). Schwartz, R. & Reinert, K. (Hrsg.). Band 88. S. 12:1–12:13

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Sulfoxide as a Chirality Information “Storage Device” to Perform Enantioselective Arylation: How Does It Work?

Maryasin, B., Kaldre, D., Kaiser, D., Gajsek, O., Maulide, N. & Gonzalez, L., 27 Aug. 2017, Book of Abstracts. S. PO2-301

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Thermal Stability of Liposome Drug Carriers Investigated by Classical Molecular Dynamics

De Vetta, M., Nogueira Perez, J. J., Steen, D., Corral, I., Wiehe, A. & Gonzalez, L., 22 Juni 2017, Book of Abstracts.

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Toward the simulation of electronic spectra in biological systems

Menger, M., Caprasecca, S. & Mennucci, B., 17 Juli 2017, Tagungsband.

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2016

A Software Package for Chemically Inspired Graph Transformation

Andersen, J. L., Flamm, C., Merkle, D. & Stadler, P. F., 2016, Graph Transformation. Minas, M. & Echahed, R. (Hrsg.). SPRINGER INT PUBLISHING AG, S. 73-88 16 S. (Lecture Notes in Computer Science, Band 9761).

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Automatic Inference of Graph Transformation Rules Using the Cyclic Nature of Chemical Reactions

Flamm, C., Merkle, D., Stadler, P. F. & Thorsen, U., 2016, Graph Transformation - 9th International Conference, ICGT 2016 in Memory of Hartmut Ehrig, Held as Part of STAF 2016, Proceedings. Minas, M. & Echahed, R. (Hrsg.). Cham: SPRINGER INT PUBLISHING AG, S. 206-222 17 S. (Lecture Notes in Computer Science, Band 9761).

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Tractable Kinetics of RNA-Ligand Interaction

Kuehnl, F., Stadler, P. F. & Will, S., 2016, BIOINFORMATICS RESEARCH AND APPLICATIONS, ISBRA 2016. Bourgeois, A., Skums, P., Wan, X. & Zelikovsky, A. (Hrsg.). SPRINGER INT PUBLISHING AG, S. 337-338 2 S. (Lecture Notes in Computer Science, Band 9683).

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2015

Ultrafast Intersystem Crossing in SO2 and Nucleobases

Mai, S., Richter, M., Marquetand, P. & Gonzalez Herrero, L., 2015, Ultrafast Phenomena XIX - Proceedings of the 19th International Conference. Yamanouchi, K., Cundiff, S., de Vivie-Riedle, R., Kuwata-Gonokami, M. & DiMauro, L. (Hrsg.). BERLIN: Springer-Verlag Berlin, S. 509-513 5 S. (Springer Proceedings in Physics, Band 162).

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2014

50 Shades of Rule Composition: From Chemical Reactions to Higher Levels of Abstraction

Andersen, J. L., Flamm, C., Merkle, D. & Stadler, P. F., 2014, Formal Methods in Macro-Biology: First International Conference, FMMB 2014, Nouméa, New Caledonia, September 22-24, 2014. Proceedings. Fages, F. & Piazza, C. (Hrsg.). Cham: SPRINGER INT PUBLISHING AG, S. 117-135 (Lecture Notes in Computer Science, Band 8738).

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Comparative Detection of Processed Small RNAs in Archaea

Siederdissen, C. H. Z., Berkemer, S., Amman, F., Wintsche, A., Will, S., Prohaska, S. J. & Stadler, P. F., 2014, PROCEEDINGS IWBBIO 2014: INTERNATIONAL WORK-CONFERENCE ON BIOINFORMATICS AND BIOMEDICAL ENGINEERING, VOLS 1 AND 2. Ortuno, F. & Rojas (Hrsg.). GRANADA: COPICENTRO GRANADA S L, S. 286-297 12 S.

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Computational design of a circular RNA with prion-like behaviour

Badelt, S., Flamm, C. & Hofacker, I., 2014, Proceedings of the 14th International Conference on the Synthesis and Simulation of Living Systems. MIT Press, S. 565-568

Veröffentlichungen: Beitrag in Buch › Beitrag in Konferenzband

Detection of RNA G-Quadruplexes within and across genomes

Tanzer, A., Lorenz, R. & Hofacker, I., Sept. 2014, Book of Abstracts.

Veröffentlichungen: Beitrag in Buch › Beitrag in Konferenzband

Dynamic Programming for Set Data Types

Siederdissen, C. H. Z., Prohaska, S. J. & Stadler, P. F., 2014, Advances in Bioinformatics and Computational Biology: 9th Brazilian Symposium on Bioinformatics, BSB 2014, Belo Horizonte, Brazil, October 28-30, 2014, Proceedings. Campos, S. (Hrsg.). CHAM: SPRINGER INT PUBLISHING AG, S. 57-64 8 S. (Lecture Notes in Computer Science, Band 8826).

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The HERMIT in the stream: fusing stream fusion's concatMap

Farmer, A., Höner zu Siederdissen, C. & Gill, A., 2014, PEPM '14: Proceedings of the ACM SIGPLAN 2014 Workshop on Partial Evaluation and Program Manipulation. New York, NY: Association for Computing Machinery (ACM), S. 97-108 12 S.

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Towards an Optimal DNA-Templated Molecular Assembler

Andersen, J. L., Flamm, C., Hanczyc, M. M. & Merkle, D., 2014, Proceedings of the 14th International Conference on the Synthesis and Simulation of Living Systems. MIT Press, S. 557-564

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2013

A Generic, Service-Based Data Integration Framework Applied to Linking Drugs Clinical Trials.

Titel in Übersetzung: A Generic, Service-Based Data Integration Framework Applied to Linking Drugs Clinical Trials.Borckholder, C., Heinzel, A., Kaniovskyi, Y., Benkner, S., Lukas, A. & Mayer, B., 1 Nov. 2013, Procedia Computer Science : 4th International Conference on Computational Systems-Biology and Bioinformatics (CSBio). Elsevier, Band 23.

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Barrier Trees for Metabolic Adjustment Landscapes

Flamm, C. & Merkle, D., Sept. 2013, Conference Proceedings. Lió, P., Miglino, O., Nicosia, G., Nolfi, S. & Pavone, M. (Hrsg.).

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Computer-aided molecular design of diarylpyrimidine derivatives as highly potent HIV-1 NNRTIs active against wild-type and K103N/Y181C HIV-1 RT stains using QSAR Approaches

Srisupan, A., Kamsri, P., Punkvang, A., Saparpakorn, P., Hannongbua, S., Wolschann, K. P., Prueksaaroon, S. & Pungpo, P., Juni 2013, Conference Proceedings. S. 112

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