Publikationen pro Jahr
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2024
Guidelines to calculate non-radiative deactivation mechanisms of ruthenium tris(bipyridine) derivatives
Hernández-Castillo, D., Eder, I. & González, L., 1 Juli 2024, in: Coordination Chemistry Reviews. 510, 215819.Veröffentlichungen: Beitrag in Fachzeitschrift › Review › Peer Reviewed
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Simulations of photoinduced processes with the exact factorization: state of the art and perspectives
Ibele, L. M., Sangiogo Gil, E., Villaseco Arribas, E. & Agostini, F., 14 Nov. 2024, in: Physical Chemistry Chemical Physics. 26, 42, S. 26693-26718 26 S.Veröffentlichungen: Beitrag in Fachzeitschrift › Review › Peer Reviewed
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2022
Polyoxometalate-Soft Matter Composite Materials: Design Strategies, Applications, and Future Directions
Kruse, J-H., Langer, M., Romanenko, I., Trentin, I., Hernandez-Castillo, D., Gonzalez, L., Schacher, F. H. & Streb, C., 16 Dez. 2022, in: Advanced Functional Materials. 32, 51, 17 S., 2208428.Veröffentlichungen: Beitrag in Fachzeitschrift › Review › Peer Reviewed
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2021
Machine learning for electronically excited states of molecules
Westermayr, J. & Marquetand, P., 25 Aug. 2021, in: Chemical Reviews. 121, 16, S. 9873-9926 54 S.Veröffentlichungen: Beitrag in Fachzeitschrift › Review › Peer Reviewed
Open Access -
2020
A guide to naming human non-coding RNA genes
Seal, R. L., Chen, L-L., Griffiths-Jones, S., Lowe, T. M., Mathews, M. B., O'Reilly, D., Pierce, A. J., Stadler, P. F., Ulitsky, I., Wolin, S. L. & Bruford, E. A., 16 März 2020, in: EMBO Journal. 39, 6, 18 S., e103777.Veröffentlichungen: Beitrag in Fachzeitschrift › Review › Peer Reviewed
Open Access -
Intersystem Crossing and Triplet Dynamics in an Iron(II) N-Heterocyclic Carbene Photosensitizer
Zobel, J. P., Bokareva, O. S., Zimmer, P., Woelper, C., Bauer, M. & Gonzalez, L., 19 Okt. 2020, in: Inorganic Chemistry. 59, 20, S. 14666-14678 13 S.Veröffentlichungen: Beitrag in Fachzeitschrift › Review › Peer Reviewed
Open Access -
Molecular Photochemistry: Recent Developments in Theory
Mai, S. & Gonzalez, L., 21 Sept. 2020, in: Angewandte Chemie (International Edition). 59, 39, S. 16832-16846 15 S.Veröffentlichungen: Beitrag in Fachzeitschrift › Review › Peer Reviewed
Open Access -
SBML Level 3: an extensible format for the exchange and reuse of biological models
Computing and Mathematical Sciences, Keating, S. M., Waltemath, D., König, M., Zhang, F., Dräger, A., Chaouiya, C., Bergmann, F. T., Finney, A., Gillespie, C. S., Helikar, T., Hoops, S., Malik-Sheriff, R. S., Moodie, S. L., Moraru, I. I., Myers, C. J., Naldi, A., Olivier, B. G., Sahle, S., Schaff, J. C., &32 mehr, 1 Aug. 2020, in: Molecular Systems Biology. 16, 8, 21 S., e9110.Veröffentlichungen: Beitrag in Fachzeitschrift › Review › Peer Reviewed
Open Access -
The Reactivity and Stability of Polyoxometalate Water Oxidation Electrocatalysts
Gao, D., Trentin, I., Schwiedrzik, L., Gonzalez, L. & Streb, C., Jan. 2020, in: Molecules. 25, 1, 20 S., 157.Veröffentlichungen: Beitrag in Fachzeitschrift › Review › Peer Reviewed
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2019
What is special about autocatalysis?
Schuster, P., Mai 2019, in: Monatshefte für Chemie. 150, 5, S. 763-775 13 S.Veröffentlichungen: Beitrag in Fachzeitschrift › Review › Peer Reviewed
Open Access -
2018
Molecular evolution between chemistry and biology: The interplay of competition, cooperation, and mutation
Schuster, P., 1 Mai 2018, in: European Biophysics Journal. 47, 4, S. 403-425 23 S.Veröffentlichungen: Beitrag in Fachzeitschrift › Review › Peer Reviewed
Open Access -
Multireference Approaches for Excited States of Molecules
Lischka, H., Nachtigallova, D., Aquino, A. J. A., Szalay, P. G., Plasser, F., Machado, F. B. C. & Barbatti, M., 8 Aug. 2018, in: Chemical Reviews. 118, 15, S. 7293-7361 69 S.Veröffentlichungen: Beitrag in Fachzeitschrift › Review › Peer Reviewed
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Nonadiabatic dynamics: The SHARC approach
Mai, S., Marquetand, P. & Gonzalez, L., 2018, in: Wiley Interdisciplinary Reviews. Computational Molecular Science. 8, 6, 23 S., e1370.Veröffentlichungen: Beitrag in Fachzeitschrift › Review › Peer Reviewed
Open Access -
2017
Evolutionary clues in lncRNAs
Nitsche, A. & Stadler, P. F., 2017, in: Wiley Interdisciplinary Reviews. RNA. 8, 1, 13 S., e1376.Veröffentlichungen: Beitrag in Fachzeitschrift › Review › Peer Reviewed
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2016
Increase in Complexity and Information through Molecular Evolution
Schuster, P., Nov. 2016, in: Entropy. 18, 11, 37 S., 397.Veröffentlichungen: Beitrag in Fachzeitschrift › Review › Peer Reviewed
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2015
A General Method to Describe Intersystem Crossing Dynamics in Trajectory Surface Hopping
Mai, S., Marquetand, P. & Gonzalez, L., 15 Sept. 2015, in: International Journal of Quantum Chemistry. 115, 18, S. 1215-1231 17 S.Veröffentlichungen: Beitrag in Fachzeitschrift › Review › Peer Reviewed
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Using computational chemistry to design Ru photosensitizers with directional charge transfer
Jaeger, M., Freitag, L. & Gonzalez, L., 1 Dez. 2015, in: Coordination Chemistry Reviews. 304-305, S. 146-165 20 S.Veröffentlichungen: Beitrag in Fachzeitschrift › Review › Peer Reviewed
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2014
A priori assessment of data quality in molecular phylogenetics
Misof, B., Meusemann, K., von Reumont, B. M., Kueck, P., Prohaska, S. J. & Stadler, P. F., 12 Sept. 2014, in: Algorithms for Molecular Biology. 9, 1, 8 S., 22.Veröffentlichungen: Beitrag in Fachzeitschrift › Review › Peer Reviewed
Open Access -
Bioinformatics of prokaryotic RNAs
Backofen, R., Amman, F., Costa, F., Findeiss, S., Richter, A. S. & Stadler, P. F., Mai 2014, in: RNA Biology. 11, 5, S. 470-483 14 S.Veröffentlichungen: Beitrag in Fachzeitschrift › Review › Peer Reviewed
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2013
Computational biology of RNA interactions
Dieterich, C. & Stadler, P., 2013, in: Wiley Interdisciplinary Reviews. RNA. 4, 1, S. 107-120 14 S.Veröffentlichungen: Beitrag in Fachzeitschrift › Review › Peer Reviewed
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2012
Modelling cyanobacteria: from metabolism to integrative models of phototrophic growth
Steuer, R., Knoop, H. & Machne, R., 2012, in: Journal of Experimental Botany. 63, 6 SI, S. 2259-2274 16 S.Veröffentlichungen: Beitrag in Fachzeitschrift › Review › Peer Reviewed
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Progress and Challenges in the Calculation of Electronic Excited States
Gonzalez Herrero, L., Escudero, D. & Serrano - Andres, L., 2012, in: ChemPhysChem: a European journal of chemical physics and physical chemistry. 13, 1, S. 28-51 24 S.Veröffentlichungen: Beitrag in Fachzeitschrift › Review › Peer Reviewed
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Screening of 64 Tryptamines at NMDA, 5-HT1A, and 5-HT2A Receptors: A Comparative Binding and Modeling Study
Berger, M. L., Palangsuntikul, R., Rebernik, P., Wolschann, K. P. & Berner, H., 2012, in: Current Medicinal Chemistry. 19, 18, S. 3044-3057 14 S.Veröffentlichungen: Beitrag in Fachzeitschrift › Review › Peer Reviewed
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2011
From Structure Prediction to Genomic Screens for Novel Non-Coding RNAs
Gorodkin, J. & Hofacker, I., 2011, in: PLoS Computational Biology. 7, 8Veröffentlichungen: Beitrag in Fachzeitschrift › Review › Peer Reviewed
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2009
Homology- based annotation of non-coding RNAs in the genomes of Schistosoma mansoni and Schistosoma japonicum
Copeland, C. C., Marz, M., Rose, D., Hertel, J., Brindley, P. J., Santana, C. B., Kehr, S., Attolini, C. S-O. & Stadler, P. F., 8 Okt. 2009, in: BMC Genomics. 10, 13 S., 464.Veröffentlichungen: Beitrag in Fachzeitschrift › Review › Peer Reviewed
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Sequence assembly
Scheibye-Alsing, K., Hoffmann, S., Frankel, A., Jensen, P., Stadler, P. F., Mang, Y., Tommerup, N., Gilchrist, M. J., Nygard, A. -B., Cirera, S., Jorgensen, C. B., Fredholm, M. & Gorodkin, J., Apr. 2009, in: Computational Biology and Chemistry. 33, 2, S. 121-136 16 S.Veröffentlichungen: Beitrag in Fachzeitschrift › Review › Peer Reviewed
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2007
RNAs everywhere: Genome-wide annotation of structured RNAs
Backofen, R., Bernhart, S., Flamm, C., Fried, C., Fritscher, C., Hackermüller, J., Hertel, J., Hofacker, I., Missal, K., Mosig, A., Prohaska, S. J., Rose, D., Stadler, P., Tanzer, A., Washietl, S. & Will, S., 2007, in: Journal of Experimental Zoology Part B: Molecular and Developmental Evolution. 308, 1, S. 1-25 25 S.Veröffentlichungen: Beitrag in Fachzeitschrift › Review › Peer Reviewed
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The mathematics of the Bose gas and its condensation
Hoffmann-Ostenhof, T., 2007, in: Bulletin of the American Mathematical Society. New Series. 44, 3, S. 494-496 3 S.Veröffentlichungen: Beitrag in Fachzeitschrift › Review › Peer Reviewed
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2006
Evolution of microRNAs
Tanzer, A. & Stadler, P. F., 2006, in: Methods in Molecular Biology. 342, S. 335-50 16 S.Veröffentlichungen: Beitrag in Fachzeitschrift › Review › Peer Reviewed
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2005
Excited-state intramolecular proton transfer: A survey of TDDFT and RI-CC2 excited-state potential energy surfaces
Aquino, A. J. A. A., Lischka, H. & Hättig, C., 2005, in: The Journal of Physical Chemistry Part A: Molecules, Spectroscopy, Kinetics, Environment and General Theory. 109, 14, S. 3201-3208 8 S.Veröffentlichungen: Beitrag in Fachzeitschrift › Review › Peer Reviewed
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2004
Surveying phylogenetic footprints in large gene clusters: Applications to Hox cluster duplications
Prohaska, S. J., Fried, C., Flamm, C., Wagner, G. P. & Stadler, P., 2004, in: Molecular Phylogenetics and Evolution. 31, 2, S. 581-604 24 S.Veröffentlichungen: Beitrag in Fachzeitschrift › Review › Peer Reviewed
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2003
Comparative modeling of GABAA receptors: limits, insights, future developments
Ernst, M., Brauchart, D., Boresch, S. & Sieghart, W., 2003, in: Neuroscience. 119, 4, S. 933-943 11 S.Veröffentlichungen: Beitrag in Fachzeitschrift › Review › Peer Reviewed
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Hologram quantitative structure-activity relationships investigations of non-nucleoside reverse transcriptase inhibitors
Pungpo, P., Hannongbua, S. & Wolschann, K. P., 2003, in: Current Medicinal Chemistry. 10, 17, S. 1661-1677 17 S.Veröffentlichungen: Beitrag in Fachzeitschrift › Review › Peer Reviewed
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Protein prenyltransferases
Maurer-Stroh, S., Washietl, S. & Eisenhaber, F., 2003, in: Genome Biology. 4, 4Veröffentlichungen: Beitrag in Fachzeitschrift › Review › Peer Reviewed
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Protein prenyltransferases: Anchor size, pseudogenes and parasites
Maurer-Stroh, S., Washietl, S. & Eisenhaber, F., 2003, in: Biological Chemistry: official scientific journal of the GBM. 384, 7, S. 977-989 13 S.Veröffentlichungen: Beitrag in Fachzeitschrift › Review › Peer Reviewed
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Steric enhancement of the strength of intramolecular hydrogen bond in 3-Cl substituted 2-(N-dimethylaminomethyl) phenols
Lipkowski, P., Koll, A., Karpfen, A. & Wolschann, K. P., 2003, in: Chemical Physics Letters. 370, 1-2, S. 74-82 9 S.Veröffentlichungen: Beitrag in Fachzeitschrift › Review › Peer Reviewed
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The intermolecular interaction in the charge-transfer complexes between amines and halogens: A theoretical characterization of the trends in halogen bonding
Karpfen, A., 2003, in: Theoretical Chemistry Accounts: theory, computation and modeling. 110, 1, S. 1-9 9 S.Veröffentlichungen: Beitrag in Fachzeitschrift › Review › Peer Reviewed
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2001
Evolution in silico and in vitro: The RNA model
Schuster, P., 2001, in: Biological Chemistry: official scientific journal of the GBM. 382, 9, S. 1301-1314 14 S.Veröffentlichungen: Beitrag in Fachzeitschrift › Review › Peer Reviewed
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2000
Prediction of RNA base pairing probabilities on massively parallel computers
Fekete, M., Hofacker, I. & Stadler, P., 2000, in: JOURNAL OF COMPUTATIONAL BIOLOGY. 7, 1-2, S. 171-182 12 S.Veröffentlichungen: Beitrag in Fachzeitschrift › Review › Peer Reviewed