Johanna Gehmacher lehrt seit 1998 am Institut für Zeitgeschichte, seit 2001 ist sie außerordentliche Universitätsprofessorin. Sie hat eine Reihe von universitären Funktionen (u.a. Institutsvorständin (2012-2014)) wahrgenommen und ist derzeit Sprecherin des Forschungsschwerpunktes Frauen- und Geschlechtergeschichte der Historisch-Kulturwissenschaftlichen Fakultät sowie Sprecherin des Clusters Frauen- und Geschlechtergeschichte der Doctoral School of Historical and Cultural Studies. Im Studienjahr 2018/19 nahm sie die Gerda Henkel-Gastprofessur am Deutschen Historischen Institut London und an der London School of Economics und wahr. Sie ist Mitglied des interdisziplinären Netzwerks Biografieforschung und Mitherausgeberin der Österreichischen Zeitschrift für Geschichtswissenschaften.

Im Wintersemester 2021/22 war Johanna Gehmacher Fernand Braudel Fellow am Department of History and Civilisation des European University Institute (EUI) in Florenz.