Thomas Rattei

Publikationen

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Publikationen pro Jahr

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Suchergebnisse

• 2024

  Deletions of conserved extracytoplasmic function sigma factors-encoding genes in Streptomyces have a major impact on secondary metabolism

  Sekurova, O. N., Zehl, M., Predl, M., Hunyadi, P., Rattei, T. & Zotchev, S. B., 18 Juli 2024, in: Microbial Cell Factories. 23, 1, S. 201 201.

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• Maximizing efficiency in sedimentary ancient DNA analysis: a novel extract pooling approach

  Oberreiter, V., Gelabert, P., Brück, F., Franz, S., Zelger, E., Szedlacsek, S., Cheronet, O., Cano, F. T., Exler, F., Zagorc, B., Karavanić, I., Banda, M., Gasparyan, B., Straus, L. G., Gonzalez Morales, M. R., Kappelman, J., Stahlschmidt, M., Rattei, T., Kraemer, S. M., Sawyer, S., &1 mehrPinhasi, R., 20 Aug. 2024, in: Scientific Reports. 14, 1, S. 19388 19388.

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• PyCoMo: a python package for community metabolic model creation and analysis

  Predl, M., Mießkes, M., Rattei, T. & Zanghellini, J., 1 Apr. 2024, in: Bioinformatics (Oxford, England). 40, 4, btae153.

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  Open Access

• SoxY gene family expansion underpins adaptation to diverse hosts and environments in symbiotic sulfide oxidizers

  Sudo, M., Osvatic, J., Taylor, J. D., Dufour, S. C., Prathep, A., Wilkins, L. G. E., Rattei, T., Yuen, B. & Petersen, J. M., Juni 2024, in: mSystems. 9, 6, 21 S., e01135-23.

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  Open Access
• 2023

  Antiviral immune response reveals host-specific virus infections in natural ant populations

  Viljakainen, L., Fürst, M. A., Grasse, A. V., Jurvansuu, J., Oh, J., Tolonen, L., Eder, T., Rattei, T. & Cremer, S., 16 März 2023, in: Frontiers in Microbiology. 14, 18 S., 1119002.

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• A predicted CRISPR-mediated symbiosis between uncultivated archaea

  Esser, S. P., Rahlff, J., Zhao, W., Predl, M., Plewka, J., Sures, K., Wimmer, F., Lee, J., Adam, P. S., McGonigle, J., Turzynski, V., Banas, I., Schwank, K., Krupovic, M., Bornemann, T. L. V., Figueroa-Gonzalez, P. A., Jarett, J., Rattei, T., Amano, Y., Blaby, I. K., &6 mehrCheng, J-F., Brazelton, W. J., Beisel, C. L., Woyke, T., Zhang, Y. & Probst, A. J., 1 Sep. 2023, in: Nature Microbiology. 8, 9, S. 1619-1633 15 S.

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• Cytoscape stringApp 2.0: Analysis and Visualization of Heterogeneous Biological Networks

  Doncheva, N. T., Morris, J. H., Holze, H., Kirsch, R., Nastou, K. C., Cuesta-Astroz, Y., Rattei, T., Szklarczyk, D., von Mering, C. & Jensen, L. J., 3 Feb. 2023, in: Journal of Proteome Research. 22, 2, S. 637-646 10 S.

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• eggNOG 6.0: enabling comparative genomics across 12 535 organisms

  Hernández-Plaza, A., Szklarczyk, D., Botas, J., Cantalapiedra, C. P., Giner-Lamia, J., Mende, D. R., Kirsch, R., Rattei, T., Letunic, I., Jensen, L. J., Bork, P., von Mering, C. & Huerta-Cepas, J., 6 Jan. 2023, in: Nucleic Acids Research. 51, D1, S. D389-D394 6 S.

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  Open Access

• Food systems microbiome-related educational needs

  Olmo, R., Wetzels, S. U., Berg, G., Cocolin, L., Hartmann, M., Hugas, M., Kostic, T., Rattei, T., Ruthsatz, M., Rybakova, D., Sessitsch, A., Shortt, C., Timmis, K., Selberherr, E. & Wagner, M., Juli 2023, in: Microbial Biotechnology. 16, 7, S. 1412-1422 11 S.

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  Open Access

• Genome Dynamics and Temperature Adaptation During Experimental Evolution of Obligate Intracellular Bacteria

  Herrera, P., Schuster, L., Zojer, M., Na, H., Schwarz, J., Wascher, F., Kempinger, T., Regner, A., Rattei, T. & Horn, M., 29 Juli 2023, in: Genome Biology and Evolution. 15, 8, 16 S., evad139.

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  Open Access

  • Temperature Acclimatization 100%
  • Intracellular Bacterium 100%
  • Dynamics 100%
  • Evolution 100%
  • Temperature 100%

• Metagenomic Antimicrobial Susceptibility Testing from Simulated Native Patient Samples

  Lüftinger, L., Májek, P., Rattei, T. & Beisken, S., 9 Feb. 2023, in: Antibiotics. 12, 2, 14 S., 366.

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  Open Access

• One to host them all: genomics of the diverse bacterial endosymbionts of the spider Oedothorax gibbosus

  Halter, T., Köstlbacher, S., Rattei, T., Hendrickx, F., Manzano-Marín, A. & Horn, M., 9 Feb. 2023, in: Microbial genomics. 9, 2, 16 S., 000943.

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  Open Access

• Questioning the fetal microbiome illustrates pitfalls of low-biomass microbial studies

  Kennedy, K. M., de Goffau, M. C., Perez-Muñoz, M. E., Arrieta, M-C., Bäckhed, F., Bork, P., Braun, T., Bushman, F. D., Dore, J., de Vos, W. M., Earl, A. M., Eisen, J. A., Elovitz, M. A., Ganal-Vonarburg, S. C., Gänzle, M. G., Garrett, W. S., Hall, L. J., Hornef, M. W., Huttenhower, C., Konnikova, L., &26 mehrLebeer, S., Macpherson, A. J., Massey, R. C., McHardy, A. C., Koren, O., Lawley, T. D., Ley, R. E., O'Mahony, L., O'Toole, P. W., Pamer, E. G., Parkhill, J., Raes, J., Rattei, T., Salonen, A., Segal, E., Segata, N., Shanahan, F., Sloboda, D. M., Smith, G. C. S., Sokol, H., Spector, T. D., Surette, M. G., Tannock, G. W., Walker, A. W., Yassour, M. & Walter, J., 26 Jan. 2023, in: Nature. 613, 7945, S. 639-649 11 S.

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• Secondary Metabolite Production Potential in a Microbiome of the Freshwater Sponge Spongilla lacustris

  Graffius, S., Garzón, J. F. G., Zehl, M., Pjevac, P., Kirkegaard, R., Flieder, M., Loy, A., Rattei, T., Ostrovsky, A. & Zotchev, S. B., 13 Apr. 2023, in: Microbiology Spectrum. 11, 2, e04353-22.

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  Open Access

• The Fish Pathogen "Candidatus Clavichlamydia salmonicola"-A Missing Link in the Evolution of Chlamydial Pathogens of Humans

  Collingro, A., Köstlbacher, S., Siegl, A., Toenshoff, E. R., Schulz, F., Mitchell, S. O., Weinmaier, T., Rattei, T., Colquhoun, D. J. & Horn, M., 24 Aug. 2023, in: Genome Biology and Evolution. 15, 8, 12 S., evad147.

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  Open Access

  • Infectious Agent 100%
  • Evolution 100%
  • Fish 100%
  • Chlamydiae 80%
  • Human 60%

• Thermal acclimation of methanotrophs from the genus Methylobacter

  Tveit, A. T., Söllinger, A., Rainer, E. M., Didriksen, A., Hestnes, A. G., Motleleng, L., Hellinger, H-J., Rattei, T. & Svenning, M. M., 1 Apr. 2023, in: The ISME Journal. 17, 4, S. 502-513 12 S.

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  Open Access
• 2022

  A time-resolved multi-omics atlas of Acanthamoeba castellanii encystment

  Bernard, C., Locard-Paulet, M., Noël, C., Duchateau, M., Giai Gianetto, Q., Moumen, B., Rattei, T., Hechard, Y., Jensen, L. J., Matondo, M. & Samba-Louaka, A., 14 Juli 2022, in: Nature Communications. 13, 1, 14 S., 4104.

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  Open Access

• Developing co-cultures of bacterial isolates from the bryozoan Cristatella mucedo for the discovery of novel secondary metabolites

  Tocino Márquez, I., Zehl, M., Pjevac, P., Kirkegaard, R., Flieder, M., Loy, A., Rattei, T. & Zotchev, S., Dez. 2022, in: Planta Medica. 88, 15, S. 1438-1438 1 S.

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• Targeted Metabolomics and High-Throughput RNA Sequencing-Based Transcriptomics Reveal Massive Changes in the Streptomyces venezuelae NRRL B-65442 Metabolism Caused by Ethanol Shock

  Sekurova, O. N., Zehl, M., Predl, M., Hunyadi, P., Rattei, T. & Zotchev, S. B., 31 Okt. 2022, in: Microbiology Spectrum. 10, 6, 19 S., e0367222.

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  Open Access
• 2021

  Dahlia variabilis cultivar 'Seattle' as a model plant for anthochlor biosynthesis

  Walliser, B., Lucaciu, C. R., Molitor, C., Marinovic, S., Nitarska, D. A., Aktas, D., Rattei, T., Kampatsikas, I., Stich, K., Haselmair-Gosch, C. & Halbwirth, H., Feb. 2021, in: Plant Physiology and Biochemistry. 159, S. 193-201 9 S.

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  Open Access

• Genome-Wide Mutation Scoring for Machine-Learning-Based Antimicrobial Resistance Prediction

  Majek, P., Lueftinger, L., Beisken, S., Rattei, T. & Materna, A., 2 Dez. 2021, in: International Journal of Molecular Sciences. 22, 23, 12 S., 13049.

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  Open Access

• Genomic insights into diverse bacterial taxa that degrade extracellular DNA in marine sediments

  Wasmund, K., Pelikan, C., Schintlmeister, A., Wagner, M., Watzka, M., Richter, A., Bhatnagar, S., Noel, A., Hubert, C. R. J., Rattei, T., Hofmann, T., Hausmann, B., Herbold, C. W. & Loy, A., Juli 2021, in: Nature Microbiology. 6, 7, S. 885-898 14 S.

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  Open Access

• Hallstatt miners consumed blue cheese and beer during the Iron Age and retained a non-Westernized gut microbiome until the Baroque period

  Maixner, F., Sarhan, M. S., Huang, K. D., Tett, A., Schoenafinger, A., Zingale, S., Blanco-Míguez, A., Manghi, P., Cemper-Kiesslich, J., Rosendahl, W., Kusebauch, U., Morrone, S. R., Hoopmann, M. R., Rota-Stabelli, O., Rattei, T., Moritz, R. L., Oeggl, K., Segata, N., Zink, A., Reschreiter, H., &1 mehrKowarik, K., 6 Dez. 2021, in: Current Biology. 31, 23, S. 5149-5162 21 S.

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  Open Access

• Learning From Limited Data: Towards Best Practice Techniques for Antimicrobial Resistance Prediction From Whole Genome Sequencing Data

  Lüftinger, L., Majek, P., Beisken, S., Rattei, T. & Posch, A. E., 15 Feb. 2021, in: Frontiers in Cellular and Infection Microbiology. 11, 9 S., 610348.

  Veröffentlichungen: Beitrag in Fachzeitschrift › Artikel › Peer Reviewed

  Open Access

• Novel taxa of Acidobacteriota implicated in seafloor sulfur cycling

  Flieder, M., Buongiorno, J., Herbold, C. W., Hausmann, B., Rattei, T., Lloyd, K. G., Loy, A. & Wasmund, K., 1 Nov. 2021, in: The ISME Journal. 15, 11, S. 3159-3180 22 S.

  Veröffentlichungen: Beitrag in Fachzeitschrift › Artikel › Peer Reviewed

  Open Access

• Predictive Antibiotic Susceptibility Testing by Next-Generation Sequencing for Periprosthetic Joint Infections: Potential and Limitations

  Lueftinger, L., Ferreira, I., Frank, B. J. H., Beisken, S., Weinberger, J., von Haeseler, A., Rattei, T., Hofstaetter, J. G., Posch, A. E. & Materna, A., 29 Juli 2021, in: Biomedicines. 9, 8, 13 S., 910.

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  Open Access

• Sulfoquinovose is a select nutrient of prominent bacteria and a source of hydrogen sulfide in the human gut

  Hanson, B. T., Dimitri Kits, K., Löffler, J., Burrichter, A. G., Fiedler, A., Denger, K., Frommeyer, B., Herbold, C. W., Rattei, T., Karcher, N., Segata, N., Schleheck, D. & Loy, A., 1 Sep. 2021, in: The ISME Journal. 15, 9, S. 2779-2791 13 S.

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  Open Access

• Tamock: simulation of habitat-specific benchmark data in metagenomics

  Gerner, S. M., Graf, A. B. & Rattei, T., 1 Mai 2021, in: BMC Bioinformatics. 22, 1, 13 S., 227.

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  Open Access
• 2020

  DeepNOG: Fast and accurate protein orthologous group assignment

  Feldbauer, R., Gosch, L., Lüftinger, L., Hyden, P., Flexer, A. & Rattei, T., 1 Dez. 2020, in: Bioinformatics. 36, 22-23, S. 5304-5312 9 S.

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  Open Access

• Functional Seasonality of Free-Living and Particle-Associated Prokaryotic Communities in the Coastal Adriatic Sea

  Steiner, P. A., Geijo, J., Fadeev, E., Obiol, A., Sintes, E., Rattei, T. & Herndl, G. J., 16 Nov. 2020, in: Frontiers in Microbiology. 11, 18 S., 584222.

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  Open Access

• Molecular causes of an evolutionary shift along the parasitism-mutualism continuum in a bacterial symbiont

  Herrera, P., Schuster, L., Wentrup, C., König, L., Kempinger, T., Na, H., Schwarz, J., Köstlbacher, S., Wascher, F., Zojer, M., Rattei, T. & Horn, M., 1 Sep. 2020, in: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America (PNAS). 117, 35, S. 21658-21666 9 S.

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  Open Access

• Prebiotic Effects of Partially Hydrolyzed Guar Gum on the Composition and Function of the Human Microbiota-Results from the PAGODA Trial

  Reider, S. J., Moosmang, S., Tragust, J., Trgovec-Greif, L., Tragust, S., Perschy, L., Przysiecki, N., Sturm, S., Tilg, H., Stuppner, H., Rattei, T. & Moschen, A. R., 28 Apr. 2020, in: Nutrients. 12, 5, 15 S., 1257.

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  Open Access

• Revealing the Venomous Secrets of the Spider's Web

  Esteves, F. G., Dos Santos-Pinto, J. R. A., Ferro, M., Sialana, F. J., Smidak, R., Rares, L. C., Nussbaumer, T., Rattei, T., Bilban, M., Bacci Júnior, M., Lubec, G. & Palma, M. S., 7 Aug. 2020, in: Journal of Proteome Research. 19, 8, S. 3044-3059 16 S.

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• scikit-hubness: Hubness Reduction and Approximate Neighbor Search

  Feldbauer, R., Rattei, T. & Flexer, A., 17 Jan. 2020, in: Journal of Open Source Software. 5, 45, 3 S., 1957.

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  Open Access

• Viral ecogenomics across the Porifera

  Pascelli, C., Laffy, P. W., Botté, E., Kupresanin, M., Rattei, T., Lurgi, M., Ravasi, T. & Webster, N. S., 2 Okt. 2020, in: Microbiome. 8, 1, 22 S., 144.

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  Open Access
• 2019

  A Bioinformatics Guide to Plant Microbiome Analysis

  Lucaciu, R., Pelikan, C., Gerner, S. M., Zioutis, C., Köstlbacher, S., Marx, H., Herbold, C. W., Schmidt, H. & Rattei, T., 23 Okt. 2019, in: Frontiers in Plant Science. 10, 18 S., 1313.

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  Open Access

• A proteotranscriptomic study of silk-producing glands from the orb-weaving spiders

  Dos Santos-Pinto, J. R. A., Esteves, F. G., Sialana, F. J., Ferro, M., Smidak, R., Rares, L. C., Nussbaumer, T., Rattei, T., Bilban, M., Bacci Júnior, M., Palma, M. S. & Lübec, G., 5 Aug. 2019, in: Molecular Omics. 15, 4, S. 256-270 15 S.

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• Characterization of a thaumarchaeal symbiont that drives incomplete nitrification in the tropical sponge Ianthella basta

  Moeller, F. U., Webster, N. S., Herbold, C. W., Behnam, F., Domman, D., Albertsen, M., Mooshammer, M., Markert, S., Turaev, D., Becher, D., Rattei, T., Schweder, T., Richter, A., Watzka, M., Nielsen, P. H. & Wagner, M., Okt. 2019, in: Environmental Microbiology. 21, 10, S. 3831-3854 24 S.

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  Open Access

• Conserved Secondary Structures in Viral mRNAs

  Kiening, M., Ochsenreiter, R., Hellinger, H-J., Rattei, T., Hofacker, I. & Frishman, D., 29 Apr. 2019, in: Viruses. 11, 5, 22 S., 401.

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  Open Access

• eggNOG 5.0: a hierarchical, functionally and phylogenetically annotated orthology resource based on 5090 organisms and 2502 viruses

  Huerta-Cepas, J., Szklarczyk, D., Heller, D., Hernández-Plaza, A., Forslund, S. K., Cook, H., Mende, D. R., Letunic, I., Rattei, T., Jensen, L. J., von Mering, C. & Bork, P., 8 Jan. 2019, in: Nucleic Acids Research. 47, D1, S. D309–D314 6 S., gky1085.

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  Open Access

• Exploring Actinobacteria Associated With Rhizosphere and Endosphere of the Native Alpine Medicinal Plant Leontopodium nivale Subspecies alpinum

  Oberhofer, M., Hess, J., Leutgeb, M., Gössnitzer, F., Rattei, T., Wawrosch, C. & Zotchev, S. B., 8 Nov. 2019, in: Frontiers in Microbiology. 10, 13 S., 2531.

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  Open Access

• Helicobacter pylori in ancient human remains

  Maixner, F., Thorell, K., Granehäll, L., Linz, B., Moodley, Y., Rattei, T., Engstrand, L. & Zink, A., 14 Nov. 2019, in: World journal of gastroenterology. 25, 42, S. 6289-6298 10 S.

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  Open Access

• Highly variable mRNA half-life time within marine bacterial taxa and functional genes

  Steiner, P. A., Mena, C., De Corte, D., Geijo, J., Yokokawa, T., Rattei, T., Herndl, G. J. & Sintes, E., Okt. 2019, in: Environmental Microbiology. 21, 10, S. 3873-3884 12 S.

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  Open Access

• Hybrid de novo transcriptome assembly of poinsettia (Euphorbia pulcherrima Willd. Ex Klotsch) bracts

  Vilperte, V., Lucaciu, C. R., Halbwirth, H., Boehm, R., Rattei, T. & Debener, T., 27 Nov. 2019, in: BMC Genomics. 20, 1, S. 900 18 S., 900.

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  Open Access

• Long-Term Transcriptional Activity at Zero Growth of a Cosmopolitan Rare Biosphere Member

  Hausmann, B., Pelikan, C., Rattei, T., Loy, A. & Pester, M., 12 Feb. 2019, in: mBio. 10, 1, 16 S., e02189-18.

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  Open Access

• Man-made microbial resistances in built environments

  Mahnert, A., Moissl-Eichinger, C., Zojer, M., Bogumil, D., Mizrahi, I., Rattei, T., Martinez, J. L. & Berg, G., 27 Feb. 2019, in: Nature Communications. 10, 1, 12 S., 968.

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  Open Access

• Minimum Information about an Uncultivated Virus Genome (MIUViG)

  Roux, S., Adriaenssens, E. M., Dutilh, B. E., Koonin, E. V., Kropinski, A. M., Krupovic, M., Kuhn, J. H., Lavigne, R., Brister, J. R., Varsani, A., Amid, C., Aziz, R. K., Bordenstein, S. R., Bork, P., Breitbart, M., Cochrane, G. R., Daly, R. A., Desnues, C., Duhaime, M. B., Emerson, J. B., &41 mehrEnault, F., Fuhrman, J. A., Hingamp, P., Hugenholtz, P., Hurwitz, B. L., Ivanova, N. N., Labonté, J. M., Lee, K-B., Malmstrom, R. R., Martinez-Garcia, M., Mizrachi, I. K., Ogata, H., Páez-Espino, D., Petit, M-A., Putonti, C., Rattei, T., Reyes, A., Rodriguez-Valera, F., Rosario, K., Schriml, L., Schulz, F., Steward, G. F., Sullivan, M. B., Sunagawa, S., Suttle, C. A., Temperton, B., Tringe, S. G., Thurber, R. V., Webster, N. S., Whiteson, K. L., Wilhelm, S. W., Wommack, K. E., Woyke, T., Wrighton, K. C., Yilmaz, P., Yoshida, T., Young, M. J., Yutin, N., Allen, L. Z., Kyrpides, N. C. & Eloe-Fadrosh, E. A., 1 Jan. 2019, in: Nature Biotechnology. 37, 1, S. 29-37 9 S.

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  Open Access

  • Virus Genome 100%
  • Adoption 100%
  • Quality 100%
  • Genomics 100%
  • Biogeography 20%

• Plasmid DNA contaminant in molecular reagents

  Wally, N., Schneider, M., Thannesberger, J., Kastner, M. T., Bakonyi, T., Indik, S., Rattei, T., Bedarf, J., Hildebrand, F., Law, J., Jovel, J. & Steininger, C., 7 Feb. 2019, in: Scientific Reports. 9, 1, 11 S., 1652.

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  Open Access

• Proteome Changes Paralleling the Olfactory Conditioning in the Forager Honey Bee and Provision of a Brain Proteomics Dataset

  Sialana, F. J., Ribeiroda Silva Menegasso, A., Smidak, R., Hussein, A. M., Zavadil, M., Rattei, T., Lubec, G., Sergio Palma, M. & Lubec, J., Juli 2019, in: Proteomics. 19, 13, 5 S., e1900094.

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• The horse Y chromosome as an informative marker for tracing sire lines

  Felkel, S., Vogl, C., Rigler, D., Dobretsberger, V., Chowdhary, B. P., Distl, O., Fries, R., Jagannathan, V., Janečka, J. E., Leeb, T., Lindgren, G., McCue, M., Metzger, J., Neuditschko, M., Rattei, T., Raudsepp, T., Rieder, S., Rubin, C-J., Schaefer, R., Schlötterer, C., &5 mehrThaller, G., Tetens, J., Velie, B., Brem, G. & Wallner, B., 15 Apr. 2019, in: Scientific Reports. 9, 1, 12 S., 6095.

  Veröffentlichungen: Beitrag in Fachzeitschrift › Artikel › Peer Reviewed

  Open Access